Η Ελευθέρα Αποστολική Εκκλησία Πεντηκοστής (ΕΑΕΠ) Μεγαλόπολης ξεκίνησε το 2003 ως κατ' οίκον συνάθροιση στο σπίτι μιας ιατρού που έκανε το αγροτικό της στην πόλη. Μετά από ένα χρόνο η συνάθροιση μεταφέρθηκε στην οδό Π. Κεφάλα όπου και παρέμεινε μέχρι το 2010, για να μεταφερθεί έπειτα στο τωρινό κτήριο της Αγ. Νικολάου. Τη συνάθροιση αυτή υπηρέτησαν και υπηρετούν εργάτες, τόσο από γειτονικές εκκλησίες , όσο και από εκκλησίες τις Αττικής, οι οποίοι εργάζονται να μεταδώσουν το Λόγο του Κυρίου στους πιστούς.

Η σημασία των λέξεων του ονόματος είναι:

1. «Ελευθέρα»: διότι είναι αυτοκέφαλη, δηλαδή δεν εξαρτάται ούτε δογματικά αλλά και ούτε οικονομικά από καμία άλλη οργάνωση ή ιεραποστολή ελληνική ή εξωτερικού.
2. «Αποστολική»: διότι ο στόχος της είναι η λειτουργία της και η ζωή της να ταυτίζεται με την εκκλησία των αποστόλων του Ιησού Χριστού.
3. «Εκκλησία»: διότι θέλει να αποτελεί το «σώμα Χριστού»
4. «Πεντηκοστής»: διότι αποδέχεται την έκχυση του Αγίου Πνεύματος όπως έγινε στα πρώτα αποστολικά χρόνια, και στην οδηγία του Αγίου Πνεύματος

Η ΕΑΕΠ Μεγαλόπολης εντάσσεται στην ευρύτερη κοινότητα της ΕΑΕΠ στην Ελλάδα.